Com a producte químic, els desinfectants requereixen una atenció especial en el lloc d'emmagatzematge. En general, els desinfectants s'han d'emmagatzemar en un lloc ben-ventilat i sec, lluny de la llum solar directa i de l'accés dels nens, com ara un lloc fresc i sec com un traster, un armari o una caixa. A més, s'han de mantenir allunyats dels aliments i begudes per evitar la ingestió accidental o el mal ús. Si el desinfectant és líquid, s'ha d'emmagatzemar en un recipient tancat per evitar fuites. Quan s'emmagatzemen, s'ha de mantenir separat d'altres productes químics per evitar accidents.
